中醫學專業自然辯證法教學改革的實踐雖取得了一定成效，但同時仍存在一些問題，尚需進一步探索和研究，以完善自然辯證法的教學。

(1)學生對學習自然辯證法的必要性和重要性認識不足。在職研究生有極強的專業性，對于其他公共課程的學習積極性不高，同時學生又把自然辯證法僅僅作為一門政治課或哲學課來對待，缺乏學習的興趣。教師在上課之后首先要而對的是如何解決學生的認識問題，消除浮躁、厭學的心理。這需要技巧和耐心，這當然是每一個自然辯證法教師的責任，但也需要學校整體環境的配合。作為在職研究生教育系統的一個構成要素，自然辯證法起著基礎性作用，但它需要與其他要素互相配合，才能使這個系統功能完善，結構合理，而這卻是一個長期、艱巨的任務，需要進一步的探索和實踐。

(2)自然辯證法教學在整體課程系統中縱向和橫向聯系的脫節。所謂縱向聯系，是指自然辯證法課程與木科階段哲學課程教學的銜接。木科階段的哲學課程是學習和深入領悟自然辯證法的基礎，自然辯證法則是以馬克思主義哲學的世界觀和方法論來研究、闡釋自然科學和科學技術發展的一般規律和人類認識自然、改造自然的一般方法，一者緊密聯系，不可分割。從當前高校課程體系看，木科哲學教學與在職研究生自然辯證法教學基木上是各自為戰，教師之間的溝通也很少，近來木科階段哲學課教學又有增添自然辯證法內容的趨勢，因此一者如何分工合作、相互銜接就成為一個急需解決的問題。所謂橫向聯系，是指自然辯證法課程與研究生專業課程教學的銜接。自然辯證法是共性，一般的理論是辯證唯物主義的普遍原理對自然界一般性認識和在科學技術領域的具體應用，也是科學技術成果的哲學概括。在職研究生只有結合木專業的學習和研究，才能真正領悟自然辯證法作為科學世界觀和方法論的真啼和意義，并在實際工作中自覺地遵守和運用。但目前在職研究生課程在設置上偏重專業，自然辯證法課程與專業課的聯系十分松散，致使學生在學完木門課程之后，無法真正在專業學習和研究中發揮其作用。要解決這個問題，既要有自然辯證法的教師在教學過程中采取多種形式與專業導師配合，同時也需要教學管理部門統籌規劃，使理論教學與專業實際有機結合為一個整體。

(3)自然辯證法課程的師資隊伍建設有待進一步加強，師資素質有待進一步提高。是否具備素質優良的教師隊伍，是教育成敗的關鍵，對于自然辯證法課程的教學而言更是如此。自然辯證法教學內容和方法的改革，對教師隊伍也提出了更高的要求。首先，自然辯證法教師應該從多方而充實和完善自己的知識結構與儲備，了解科學技術前沿的最新成果，特別是對于大多文科學歷背景的教師來說特別要補上自然科學基礎知識，才能真正駕馭這門課程;其次，自然辯證法教師要加強科研，處理好科研和教學的關系，以科研成果充實教學內容，把教學過程中的難點、疑點作為科研的方向，一者相輔相成，不能偏廢。一名合格的自然辯證法教師應該是教學人員與科研人員的統一體，這樣才能使自然辯證法教學在一個堅實的基礎上不斷提高。

中醫學專業在職研究生自然辯證法課程的教學改革剛剛起步，還需進行更加全而的實踐探索、經驗積累和理論總結，使自然辯證法教學在培養現代中醫學人才的系統工程中發揮基礎作用，這是自然辯證法教學的任務，也是自然辯證法教學改革的目的所在。